有科學研究顯示鴨糞可以凸顯出一個鴨子的健康狀況，所以養殖戶在日常也可以通過觀察鴨子的糞便來判斷鴨子的健康情況，不同的糞便可體現出鴨子的不同病癥。 糞便形如爛肉，是由脫落的腸黏膜形成，多見于患球蟲病、絳蟲病、蛔蟲病和腸炎恢復期的鴨。 糞便黑色或茶黑色，常見于上消化道出血；糞便紅色或鮮紅色，多見于下消化道出血。 糞便呈鐵銹色水樣，并混有尿酸鹽，有時還摻有消化不徹底的飼料。這是由于腸道嚴重出血造成，多見于禽流感早期及中毒等引起的消化道出血。 由于肝小葉受損以致影響膽汁排泄，導致膽紅素進入血液，經尿排出而形成表面黃色或淡黃色的尿覆蓋，多見于盲腸炎、肝炎。 糞便黏稠惡臭，呈黑綠色，這是由于膽汁和腸道脫落的組織細胞相混而成，多見于鴨霍亂、鴨傳染性漿膜炎、鴨病毒性肝炎等。
